Tot sembla completament perdut per a en Jeremy i els seus amics. XANA, amb l'ajuda dels terroristes del Green Phoenix, ha posat en funcionament la terrible arma que fins ara estava oculta al cor del món virtual. En Jeremy, l'Ulrich i l'Eva estan atrapats a Lyoko; l'Aelita está presonera a la Réplica, un món virtual paral·lel que ha creat el seu pare. Per tant, al món real només queden la Yumi i l'Odd... Com podran salvar els seus amics i derrotar finalment XANA
